加工增值免關稅政策是海南自由貿易港核心政策之一。封關運作前，加工增值試點企業采購的境內料件不對海南自產貨物進行區分，在計算加工增值率時要扣除全部境內料件。封關后，加工增值免關稅政策在增值率計算方面進行了優化，即把境內采購料件區分為海南自產貨物和內地貨物，經認定的海南自產貨物價值可以從加工增值備案企業使用的境內采購料件價格中扣除，計入增值部分。這將鼓勵加工增值企業在生產過程中使用海南自產貨物，有利于海南自產貨物企業與加工增值企業保持更加緊密的合作關系，鼓勵海南本地產業發展。

《海南自由貿易港加工增值免關稅政策項下海南自產貨物認定管理暫行辦法》明確了海南自產貨物與內地貨物的區分標準、認定條件和程序、海南自產貨物使用管理等相關內容。一是要求申請主體在海南自由貿易港進行市場主體登記注冊，且具有獨立法人資格，并將海南自產貨物限定為在海南自由貿易港完全獲得、生產的貨物及其加工制成品。二是依托中國（海南）國際貿易“單一窗口”實行線上市縣初核、省級復核，并經公示無異議后，申請的企業（貨物）將納入名錄管理，可以向相關的加工增值備案企業提供海南自產貨物。