貨物流通稅收政策主要明確了“零關稅”政策的享惠主體，以及貨物進出海南自由貿易港與中華人民共和國關境外其他國家和地區之間（“一線”）、海南自由貿易港與中華人民共和國關境內其他地區（內地）之間（“二線”），以及在海南自由貿易港島內流通的稅收政策等。

“零關稅”政策的享惠主體包括三類：一是在海南自由貿易港登記注冊且具有獨立法人資格的企業；二是海南自由貿易港內的事業單位；三是由科技部、教育部會同民政部（或省級科技、教育主管部門會同省級民政部門）核定，并在海南自由貿易港登記的科技類、教育類民辦非企業單位。符合上述條件的市場主體，可根據自身生產經營情況，自愿提出享惠主體認定申請；經認定后，即可按規定享受相關“零關稅”政策。

“一線”進口實行進口征稅商品目錄管理。除國家規定禁止進口以及國家法律、行政法規明確規定不予免稅或保稅的貨物外，在“一線”對進口征稅貨物實施目錄管理。目錄內的進口貨物，照章征收進口關稅、進口環節增值稅和消費稅；享惠主體進口征稅商品目錄以外的貨物，免征進口關稅、進口環節增值稅和消費稅。

經“二線”進入內地須補繳進口稅收。“零關稅”貨物及其加工制成品經“二線”進入內地，按進口料件的相關規定補繳進口關稅、進口環節增值稅和消費稅；對鼓勵類產業企業生產的含進口料件且在海南自由貿易港加工增值超過30%（含）的貨物，經“二線”進入內地免征進口關稅，但照章征收進口環節增值稅和消費稅。

在海南自由貿易港內，享惠主體間流通免于補繳進口稅收。“零關稅”貨物及其加工制成品在符合條件的享惠主體間流通，免于補繳進口關稅、進口環節增值稅和消費稅，但照章征收國內環節增值稅和消費稅。若享惠主體將“零關稅”貨物及其加工制成品流通至海南自由貿易港內的非享惠主體或個人，則須補繳進口關稅、進口環節增值稅和消費稅，并照章征收國內環節增值稅和消費稅。

此外，貨物流通稅收政策還明確：內地經“二線”進入海南自由貿易港的貨物，按國內流通管理；從海南自由貿易港經“一線”離境的貨物，按出口管理。