隨后，有研究人員在網上揭露小保方向早稻田大學提交的博士論文有諸多可疑之處，例如占其論文五分之一篇幅的20多頁內容幾乎與美國國立衛生研究院網站上的一篇科普文章完全相同。

　　理化學研究所的調查小組于今年9月在《自然》雜志上撰文說，他們通過對小保方晴子留存的實驗材料進行調查，確定所謂新型“萬能細胞”實際全都來自該研究所保存的胚胎干細胞。

　　STAP論文中提到的實驗材料的調查結果

　　至此，理化學研究所作出取消小保方博士學位的決定，可謂順理成章。但是，小保方繼續為自己叫屈。

　　早稻田大學宣布上述決定的當天，小保方通過她的代理律師對校方的決定表示了不滿，認為校方的“（審查流程）從最初開始就是以不合格為前提的，非常不公正”。

　　小保方在聲明中說，我提交修改后的論文之前，導師就告訴我“這次合格的可能性非常低”，就不合格的理由，負責論文審查的老師表示，“為什么不能承認你的博士學位呢，看看業界同行一系列的反應就不言自明了吧”，所以，非常明顯，校方的結論重視社會的輿論趨勢而偏離了學術方面的理由。

　　小保方還說，這次論文的修改是在自己住院和休養期間進行的，我向大學方面提交了醫生的診斷書，診斷書寫明我現在思考能力和集中能力下降，健康狀況讓我無法在博士論文上發揮能力，但是校方既要求我提交差不多6年前保存在美國的研究資料，又給我設置了嚴格的時間限制，完全不考慮我的身心狀況，甚至可以說將我現在的健康狀況也作為不合格的理由。

　　小保方晴子和她的代理律師

　　據小保方的代理律師介紹，小保方今年夏天之前再次提交了論文。但是其他論文有問題的人完成對論文的修改，然后在一些材料上簽字后，他們的博士學位仍能獲得承認。當小保方問，我是不是受到和他人不同的對待時，相關人員回答，或許是有差別。小保方不滿自己接受了雙重標準的審查。

　　律師還說，小保方在提交博士論文時，錯誤地提交了草稿階段的論文，里面的用語解釋和圖片只是備忘性地寫了一些參考的內容，并未進行正確的引文注釋。而小保方的母親當時身患重病，她每天忙得焦頭爛額，才誤交了草稿階段的論文。所以，小保方沒有學術不端的意圖，歸根到底只是過失造成的錯誤，不適用于“故意通過不正當手段獲得學位”這一學位取消的要件。

　　律師暗示，就早稻田大學這次作出的決定，他們正討論采取法律措施。

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